水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。

需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。

当老化的水和水体老化(发臭)时，水中往往会有大量的氨氮物质。当生石灰使用后pH值升高时，会引起分子态氮迅速增加，有害性可能是原来的几百倍，容易导致鱼类氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，会导致分子态氮迅速上升，毒性是原来的几百倍，引起氨中du。